هناك العديد من المشاكل التي يمكن أن تؤثر على الجهاز الهضمي، بما في ذلك: حدوث ألم في البطن،أو وجود دم في البراز، والانتفاخ وخاصة إذ كانت دائمة ، أو الإمساك وكذلك الإسهال، والحرقة، والغثيان والقيء وصعوبة البلع.

ومن بين الأمراض المعروفة على نطاق واسع في الجهاز الهضمي هو سرطان القولون. هذا هو عادة سرطان بطيء النمو وغالبا ما يمكن النجاة منه إذا اكتشف مبكرا. كثير من الأمراض والحالات ترتبط بالجهاز الهضمي – بما في ذلك متلازمة القولون العصبي، وعدم تحمل اللاكتوز، والإنسدادات، والإرتجاع المريء ومرض كرون ومرض الاضطرابات الهضمية، وكذلك المعانة من قرحة المعدة وفتق الحجاب الحاجز – والذي يمكن أن يكون مزمنا ويصعب تشخيصه وعلاجه. جميعها هذه الأمراض ترتبط مع الجهاز الهضمي ومع الطعام الذي نأكله، ويجب على كثير ممن يعانون مما سبق ” أحد الأمراض المذكورة ” تقييد وجباتهم الغذائية.